蝇类是我们最熟悉、也是最主要的卫生害虫，对人的危害有以下几个方面：
1．机械性传播疾病
机械性传播疾病是蝇类传播病原体的主要方式。蝇类的体表多毛，足部爪垫能分泌粘液，喜在人或畜的粪尿、痰、呕吐物以及尸体等处爬行觅食，极容易附着大量的病原体，又常在人体、食物、餐饮具上停留，蝇类停落时有搓足和刷身的习性，而且边吃、边吐、边拉，因此成为人类疾病病原体的主要机械性传播者。蝇类能机械性携带传递多种病原体，目前已证实蝇类能携带的细菌有100多种，原虫约30种，病毒20种。
蝇类传播的疾病及传染源如下：
消化道疾病：痢疾、伤寒、霍乱、肠道蠕虫、原虫病等，其传染源为人粪。呼吸道疾病：如肺结核，传染源为痰液和粪便。眼病：沙眼、眼结膜炎，传染源为眼分泌物。皮肤病：细菌性皮炎、雅司病，传染源为皮肤患处的分泌物。
神经系统疾病：如脊髓灰质炎，传染源为口鼻分泌物和粪便。机械性传染的疾病中以消化道疾病最为常见，主要发生在夏秋季节，重要传播蝇种为家蝇、大头金蝇等。
2．引起蝇蛆症
蝇类幼期寄生于人、畜活体组织或腔道而引起蝇蛆症，其危害很大，尤其是对畜牧业。按寄生的不同种类、部位和程度可分为偶然性蝇蛆症、半特异性蝇蛆症和特异性蝇蛆症。
3．骚扰吸血
吸血蝇有螯蝇、角蝇、血蝇。主要危害家畜，吸血骚扰可使产肉和产奶量大幅下降，还造成家畜之间的疾病传播，给畜牧业带来严重经济损失。螯蝇数量多时，可在海水浴场侵袭游泳人群，使人难以忍受，在一些地区给旅游业带来麻烦。即便是不吸血的家蝇对人的骚扰也比较明显，如在人们休息或午睡时，有一两只家蝇在脸上、手上或腿上爬行，使人不得安宁。随着我国社会和经济的快速发展，人们对环境和生活质量都有了更高的要求。因此，蝇类防治工作越来越受到人们的关注。